rom7中异端申问局刺杀阿尔比恩女王爱丝缇未遂，反而误杀了挺身保护她的教皇亚历山大，主谋弗朗西斯科趁机将责任推到阿尔比恩一方，自己继任教皇，并首先就以串通帝国之名整倒了卡特琳娜。Ax被解散，完全失势而且失去了亚伯的卡特琳娜夙愿不能实现，患上了被视为不治之症的胶原病，从此一病不起，无法再参与世事。弗朗西斯科在所有障碍都排除后，向帝国发动了十字军东征，战争中弗朗西斯科动用了核弹，一举摧毁了帝国第二大都市提米索拉，第二枚就对准了拜占庭。面对这种局面，塞思只好解开了"方舟"其中一部分力量，毁灭了教廷的军事基地（像悲叹之星那样的卫星轨道爆破）。

    但这个时候，该隐出现，他企图将"方舟"的封印全部展开，使它撞击地球掀起又一场大灭绝……首先他又用卫星炮炸毁了罗马，新教皇弗朗西斯科死于非命，卡特琳娜却因为被驱逐养病而幸免于难。亚伯潜入帝国试图挽救事态，但在那里的塞思却为了阻止该隐而死。又一次失去亲人的亚伯与该隐陷入了激战，同归于尽……

    失去首脑的双方元气大伤，在骑士团的操纵下，塞思之死被归咎于"教廷派来的杀手"亚伯。于是导致战争进一步扩大，愤怒的帝国军节节胜利，迅速扩张。终于，阿尔比恩被推到了战事前线，爱丝缇集结了剩余的前ax成员苦苦坚守阵地。

    后来，在帝国方面，野心勃勃的凯恩斯坦伯爵千金卡米拉在街上捡到一个银发碧眼的美丽短生种，而且他似乎还失忆了。她想用这个人类进行谋杀阿尔比恩女王爱丝缇的计划，但当他们见到爱丝缇时，亚伯的记忆就"恢复"了，阴谋被粉碎，两人再一次见面。同时，几近绝望的卡特琳娜带托雷士加入了骑士团，以生命作为最后的赌注伺机从内部瓦解敌人，在一番周折后，三人终于又站在了同一战线上……

    该隐用"方舟"撞击地球的计划终于要实现了，发誓要挽救一切的亚伯和剩下的人类们，对骑士团的最终决战即将展开……